Avui he participat a la primera sessió del Workshop Databases in Quantum Chemistry que té lloc al Zaragoza Scientific Center for Advanced Modeling (ZCAM). De fet el nom llarg del workshop és Databases in Quantum Chemistry: Validation of methods and software, and repositories of reference computational results. L’objectiu d’aquesta trobada és clar:
The workshop is devoted to address the issues related to databasing in Quantum Chemistry. A number of international experts has been invited to discuss the more relevant points in a flexible set up, with the objective of reaching a consensus view about the degree of necessity of organized repositories of high-level quantum chemical data, as well as the technical problems associated to their design, construction and maintenance.
Hi assistim una quarantena de persones, cosa que permet interaccionar de forma permanent amb els ponents. Malgrat que hi ha xerrades, no tan sols es permet, sinó que s’encoratja, la interrupció per discutir qualsevol assumpte. De fet, cada matí o tarda hi ha un període destinat exclusivament a discussió, i divendres hi haurà discussió general per encarar el futur de la idea de bases de dades en química quàntica.
El workshop té lloc a les instal.laciones inaugurades l’abril passat al campus nord de la Universitat de Saragossa. Es tracta d’un edifici per als seus instituts universitaris. Un lloc funcional però que segur que els permet tenir infrastructura i espai per avançar.
Durant el workshop aniré fent tweets fent servir el hashtag #wszcam – Veure també el programa detallat del workshop.
Avui he de senyalar un tema interessant més enllà de l’àmbit estricte de la trobada: la web semàntica en química (i per tant en ciència). Un bon article d’introducció és Towards Data Integration for Computational Chemistry (un alttre exemple aquí)
Increasingly, understanding complex problems in computational chemistry requires the
use of several applications as components of computational workflows. Unfortunately,
this process is severely hindered by a lack of data interchange standards. The eCCP and
eMinerals UK eScience projects are developing a framework to facilitate the
interoperability of such applications. Data sets are serialised in a way that conforms to
existing XML languages, including the Chemical Markup Language, and collaboratively
designed extensions. Various methods are used to express relationships between data
sets, based on the XLink standard. Explicit semantics are associated to data sets by
mappings to concepts specified in OWL ontologies. These mappings make use of RDF
and XPointer standards and enable the users of framework data to work with its logical
structure. This provides a number of advantages, including the ability to work with data
that conforms to differing data models. Framework tools are under development that will
enable the manipulation of such data, being designed with an emphasis on easy
integration into the current working practices of computational communities, such as the
UK’s Collaborative Computational Projects.
De fet, una excel.lent xerrada l’ha impartida aquesta tarda en Peter Murray (COMO Group de Cambridge-UK), titulada A quixotic approach to quantum chemistry (post de l’autor de 26/9). En Peter, activista del programari liure, de les dades obertes, de tot allò que brolla llibertat, ha exposat els trets principals de la utilització d’eines de la web semàntica per crear bases de dades a partir de col.lecions de fitxers amb resultats de càlculs químicoquàntics. per a mí ha estat una excel.lent descoberta. Open public domain data, data commons, zero creative commons license, etc… són conceptes nous que he après avui!
Les idees i el blog d’en Peter Murray em portarà molt de coneixement nou i interessant, n’estic segur.
