Fa pocs dies vaig parlar de molecules en forma d’Anells de Salomó, i fet fa temps ja havia parlat de molècules borromees. Però en buscar-ne més informació em vaig topar amb un post de Chemistry World que descriu la síntesi d’un nus de trèbol (trefoil knot), amb a closure of a knotty problem.
Segons el Chemistry World,
Nine years ago, Chris Hunter’s group at the University of Sheffield in the UK reported that they could use a zinc ion to tie an open knot in a linear oligomer. But ask a mathematician, and a knot isn’t a knot unless it can’t come untied – no loose ends allowed. In their latest research, Hunter’s team has followed up their oligomer-winding work, and managed to bind the loose ends together.
The oligomer includes three pairs of pyridine rings, like benzene rings with one carbon atom replaced by nitrogen. The first of these ligands binds to the central zinc ion through the nitrogen atoms. The oligomer then folds so that the second ligand binds, leaving the two ends crossed. In order for the third ligand to bind to the zinc, the long end of the oligomer must thread through the first loop, forming an open trefoil knot.
Naturalment aquest nus demana que hi hagi una cadena de monòmers, en aquest cas d’àcids nucleics. Em pregunto si en d’altres casos com el polietilè podrien formar-se nusos (una altra cosa és que les cadenes s’entrellassin i s’entortolliguin, com al cautxouc). Donc sí, a l’entrada de la wikipedia Molecular Knot n’hi ha més informació, fins i tot una molècula: el knotane (en català deuria ser nusà)
De fet, a la mateixa wikipedia (una bona manera de felicitar-la pels 10 anys!) hi ha una proteîna (Thermus thermophilus RNA methyltransferase, amb codi PDB 1IPA) que forma un nus normal (com el de sabata abans de collar-lo) en un dels seus extrems (a la figura, de color blau).
Com dir en Shakespeare: “To knot or not to knot, that’s the question“
Quan tingui temps, faré alguns càlculs de molècules borromees, salomòniques i anuades, tan de polietilè com d’oligopèptids, però no serà fàcil fer servir els dissenyadors de molècules bidimensionals. Tot plegat em sembla una mica un nus molecular.